Если стоимость основного средства менее 40 тыс. руб., мы его стоимость списываем, а использовать его дальше можем?

Конечно, можете. 

Вы списываете такой объект из-за малой стоимости: она слишком мала, чтобы повлиять на баланс и финансовые результаты. 

Это продиктовано рациональностью ведения бухучёта. 

После списания стоимости малоценного объекта вы можете использовать его сколько угодно. 

Однако не забывайте ежегодно проводить инвентаризацию по запасам и отражать используемые малоценные объекты в акте инвентаризации.