Если стоимость основного средства менее 40 тыс. руб., мы его стоимость списываем, а использовать его дальше можем?

Конечно, можете.  Вы списываете такой объект из-за малой стоимости: она слишком мала, чтобы повлиять на баланс и финансовые результаты.  Это продиктовано рациональностью ведения бухучёта.  После списания стоимости малоценного объекта вы можете использовать его сколько угодно.  Однако не забывайте ежегодно проводить инвентаризацию по запасам и отражать используемые малоценные объекты в акте инвентаризации.