Конечно. Ни бухгалтерский, ни налоговый учёт не содержат запрета на начисление амортизации, также нет и разрешения прекратить амортизацию.
У вас реконструкция ещё не начата, поэтому обязательно продолжайте начислять амортизацию.

Марина Полякова